《藍色馬蹄蓮》是一部充滿懸疑和犯罪元素的愛情電視劇。故事圍繞著姐妹倆凌若風和凌若雨展開，她們的父母在海關緝私行動中不幸遇害，成為了烈士遺孤。10年后，當她們去墓地祭奠父母時，卻發(fā)現了一束從未見過的藍色馬蹄蓮。這種奇特的花朵的出現打破了姐妹倆寧靜的生活，將她們卷入了神秘莫測的漩渦中。凌若風是一家福利院的院長，突然出現了一種被稱為2號病的腸道感染病，導致嬰幼兒相繼死亡。專家們無法確定感染源，福利院也排除了食物中毒的可能。與此同時，凌若雨作為國資辦的檢查主任，她所管理的恰威斯集團的國有資本急劇減少，支柱產業(yè)紛紛倒閉。經過調查，發(fā)現霍亂病是由福利院嬰幼兒的床上用品造成的，而這些污染棉竟然是恰威斯集團捐贈的。凌若雨和她的男友韓大為，一位工商檢查隊長，決定聯手調查污染棉的來源，揭開恰威斯名牌產品被人假冒導致企業(yè)倒閉和國有資本減少的謎團。然而，一連串的怪事接踵而至。污染棉的貨主魏嘉民得到了電話預警，逃之夭夭。當韓大為和凌若雨前去質詢時，卻遭遇了假冒公安刑警的殺手的襲擊，險些喪命。私營業(yè)主柳云飛在市場上銷售假棉，但副隊長周天宇對其輕描淡寫。恰威斯后勤部長賈之光被指控受賄120萬，工商部門想要提請檢察機關立案，但總經理趙永紅卻提出了條件，要求賈之光自首并承擔全部責任。主犯魏嘉民在押解途中被槍殺。由于魏嘉民的死亡，污染棉的調查線索中斷，恰威斯集團以補償福利院160萬人民幣的方式了結此事。凌若雨對周天宇的行為產生了懷疑，她在魏嘉民的賬冊中發(fā)現了一些蛛絲馬跡：恰威斯與死者有染，以低價購買并傾銷假貨。然而，華山和趙永紅等總部領導卻以周天宇親自監(jiān)督的工商檢查為證據，證明自己的清白。恰威斯棉被廠遭遇了更多的不幸，韓國大宇公司因2號病事件無條件中止了購銷合同，導致棉被廠的庫存堆積，瀕臨破產，最后被私營業(yè)主柳云飛接手。凌若雨在黨組書記鄭菱的啟示下，意識到恰威斯國有資本減少的主要原因是不法商人假冒其名牌，擠兌市場，導致恰威斯名牌產品銷售困難，逐漸崩潰。因此，凌若雨決定以公職律師的身份，擔任恰威斯企業(yè)打假團法律顧問，與工商、公安、檢查機關合作打擊假冒行為。然而，她的舉動引發(fā)了一系列驚濤駭浪......