《南嶺傳奇》是一部關于電影孤兒悟性和慧清的故事。他們從小被東山寺的持慧遠收養(yǎng)，在寺院里成長成人，并成為行者。然而，神法和尚對自己的地位非常自負，為了增加自己的勢力，強迫行者聽經(jīng)、練武、打坐參禪，對他們進行奴役般的對待。悟性對此感到不滿，認為佛在人心，不必拘泥于形式，這被神法視為異端思想。慧遠年事已高，決定將住持之位傳給其他人，于是召集僧眾挑選繼承人。悟性自認為是晚輩，注重德行，與神法比武時有意相讓，并通過偈闡述佛法心得。慧遠看到悟性胸懷坦蕩，對佛學也有智慧見解，決定傳位給他。然而，他也明白悟性所持的新解難以在本寺立足，于是將袈裟傳給他，并勸他離開本寺到南方發(fā)揚佛學新說。說完這些話后，慧遠安詳?shù)貓A寂。神法一直覬覦住持之位，得知悟性已經(jīng)得到袈裟離去后，感到又氣又羞，于是派惠明追蹤他，并與官府勾結(jié)，試圖攔截悟性。惠明追上悟性，他們打斗起來，悟性不僅退讓，還向他曉以佛法，結(jié)果惠明被感化，告別悟性前往別山修行。悟性躲過官府的追蹤，但因為勞累過度，昏倒在路邊，被獵戶之女春蘭救起。悟性休養(yǎng)了幾天后，不顧春蘭的挽留，堅持南行。神法知道慧清與悟性的情誼深厚，于是故意將他打傷并監(jiān)禁，使弟子慧山假意叛師，讓慧清逃走，然后暗中跟蹤。慧清急于與悟性會合，卻被神法跟蹤而至。神法想除掉悟性，奪回袈裟。然而，悟性、慧清和春蘭父女全力抵抗，擊退了神法等人，但春蘭的父親不幸身亡，慧清也受了重傷，悟性決定將春蘭留下照料慧清，并自己前往寶林寺正式出家為僧。神法親自率領眾徒趕到寶林寺，試圖奪回袈裟。悟性為了保護法與神法展開了一場激烈的戰(zhàn)斗，但他對手下留情，沒有傷及神法的性命，并告誡他應該收斂自己的心魔。神法自知已經(jīng)過時，于是返回東山寺。悟性則留在寶林寺，專心致志地研究佛學新解。